在食用菌产业快速发展的今天，工厂化蘑菇种植每年都产生了数量不少的蘑菇废料，如果这些废料能妥善处理，则会变废为宝，对环境和资源是一种有效保护；如果处理不当，不仅造成资源浪费，且会给环境带来极大的危害、病虫害的蔓延。
通过技术人员对食用菌废料进行了大量的研究，发现菇渣料发酵技术和其它基质混配能形成复合基质在作物栽培上进行有效的使用。
一、蘑菇种植废料经过添加发酵剂腐熟发酵制作生物有机肥
1、蘑菇种植废料发酵有机肥要注意水分，通气量，碳氮比，堆肥翻堆时间和高温腐熟时间。
2、按碳氮比混合农家肥发酵剂，能快速分解有机质，使之具有添加量少、强力降解蛋白质、发酵时间短、成本低、发酵温度不受限等优点，能有效杀死发酵物中的有害菌、虫、虫卵、草籽并降解抗生素残留等。
二、好的蘑菇种植废料有机肥的好处
蘑菇种植废料有机肥是使用有机物制作的肥料，是指含有机物质，既能向农作物提供多种无机养分和有机养分，又能培肥改良土壤的一类肥料，它是绿色食品与有机食品生产的主要养分来源。
1、蘑菇种植废料有机肥种植农作物，可以有效调理土壤、激活土壤中微生物的活跃率、克服土壤板结、增加土壤空气通透性; 减少水分流失与蒸发、减轻干旱的压力、保肥、减少化肥、减轻盐碱损害，在减少化肥用量或逐步替代化肥的情况下，提高土壤肥力，使粮食作物、经济作物、蔬菜类、瓜果类大幅度增产，提高了农产品品质、果品色泽鲜艳、个头整齐、成熟集中，瓜类农产品含糖量、维生素含量都有提高，口感好，有利于扩大出口，提高售价。
2、蘑菇种植废料有机肥料可改善农作物性状、使作物茎杆粗壮，叶色浓绿，花期提前，结果率高，果实品质好，提前上市时间。能增强作物抗病性和抗逆性、减轻作物因连作造成的病害和土传性病害，降低发病率；对花叶病、黑胫病、炭疽病等的防治都有较好的效果，同时增强作物对不良环境的综合防御能力。化肥施入量的减少，相应地减少了农产品中硝酸盐的含量。
3、蘑菇种植废料有机肥营养元素齐全，能够改良土壤，改善使用化肥造成的土壤板结。改善土壤性状，增强土壤保水、保肥、供肥的能力。蘑菇种植废料有机肥中的有益微生物进入土壤后与土壤中微生物形成相互间的共生增殖关系，抑制有害菌生长并转化为有益菌，相互作用，相互促进，起到群体协同作用，有益菌在生长繁殖过程中产生大量的代谢产物，促使有机物的分解转化，能直接或间接为作物提供多种营养和刺激性物质，促进和调控作物生长。
4、农作物种植使用蘑菇种植废料有机肥可提高土壤孔隙度、通透交换性及植物成活率、增加有益菌和土壤微生物及种群。同时，在作物根系形成的优势有益菌群能抑制有害病原菌繁衍，增强作物抗逆抗病能力降低重茬作物的病情指数，连年施用可大大缓解连作障碍。减少环境污染，对人、畜、环境安全、无毒，是一种环保型肥料。
蘑菇种植的废料再利用，一方面促进了食用菌工厂的废物利用率， 另一方面也降低了其它农作物种植使用者的成本，提质增产。
