近年来食用菌种植业快速发展，其中双孢菇工厂化种植，在国内外来说，发展异常迅猛。尤其是国内较大型的双孢菇工厂，起始几个亿的资金投入，因此在种植中更是要尤为小心，一不小心毫不起眼的微小病虫害问题有可能将上亿的投入瞬间吸没。
在进入食用菌产业链，有必要了解一些常见病虫害及应对策略。在实际生产过程中也会有各种疑难杂症出现，需要工作者在实践中不断解决、总结、整理。
1. 疣孢霉病
又名湿泡病、自腐病、褐腐病、水疱病， 适宜温度为20℃， 在通风不良，温度偏高，湿度大时易发生。菇体感病后，变为不规则的团体组织，菇体上覆盖一层白色絮状菌丝，似花菜菇或馒头菇，最后变成褐色软腐状，并有褐色液体溢出，散发出恶臭气味，继而腐烂。
防治方法： 出现病害后，及时拔除病菇和菌体，停止喷水，交替喷施50%多菌灵500倍液50%施保功800倍液、70%甲基托布津1000倍液等
2. 细菌性斑点病
使用不清洁的水喷雾，不通风或者通风过少都容易引发细菌性斑点病，表征是出现针眼状病斑，若没有及时处理则容易扩散成为褐色块状并腐烂
防治方法：喷水时使用清洁水，平时加大通风量，避免棚内湿度超过90%
3. 褐斑病
又叫干泡病、轮枝霉病等，大约2周的时间，会从不规则的褐色斑点，逐步扩大直至灰色凹陷
防治方法：喷洒50%多菌灵可湿性粉剂500倍液
4. 软腐病
出现在子实体上，会逐步变成褐色腐烂
防治方法：减少床面喷水，加强通风，降低空气湿度; 同时向感染部位撒石灰
5. 螨类
易潜入料内吃光菌丝体，传染各种霉菌
防治方法：对培养料进行杀螨熏蒸
6. 菇蚊/菇蝇
幼虫咬食菌丝，甚至传播螨虫和霉菌
防治方法：熏蒸或者安装诱虫灯
