食用菌生产中，水是每一阶段必不可少的条件，每一阶段用水方式、数量都要注意把控。尤其是堆肥生产阶段和出菇阶段，做好管控，对于蘑菇生长品质和产量都是具有极大的有利影响。
堆肥生产阶段
在堆肥生产和隧道、料仓的清理过程中需要使用足够的用水。在一次发酵中，废水和优质水都是需要重复利用的。如果没有充足的供水，雨水和地下水都是很好的补充。
不能让水产生难闻的气味，如果有异味说明缺少氧气，没有氧气意味着没有微生物，这将对进程产生不利影响。当暴露在空气中水分，氧气能存储在水分中。空气可以吹入水中就像喷泉的水循环一样。
如果水包含堆肥的痕迹，它可能仍然含有一些微生物。这类微生物利用水中的空气存活。通过防止堆肥残留物进入蓄水池中可以保持水中含有更多的氧气。在清洁过程中，铲除堆肥残留物，而不是简单地将它们与废水一起冲洗到排水管中。需要建立一个双水库：废水流入第一个水箱，然后通过过筛网或过滤器去除堆肥残留物，流入第二个水箱
出菇阶段
1. 压菌水要适时
在床面有菌丝冒出的时候喷洒。
方法：加大通风，让大风吹进菇棚，使菌丝倒伏，每平方米床面喷水不可超过1公斤左右的水，早晚各1次，保证土壤有一半的土壤湿透。喷水后与通风一起，使床面表层约0.5厘米厚度的土面失水稍干，使菌丝在该土层内横向生长、连结，并达到生理成熟。
2. 重喷结菇水
结菇期是双孢菇生长的重要时期，一般结菇水在喷压菌水3天后喷洒。注意观察培养料的湿度和含水量，根据培养料及土层含水状况，结菇水按每平方米床面3公斤左右的用量至少分4次喷入，直到覆土层湿透但水无下渗为准。喷结菇水时，应加强通风，防止湿度过大导致双孢菇腐烂。
3. 出菇水要足量
出菇水的用量、喷洒方法与结菇水相似，但它却和双孢菇的产量和质量有着很大的影响。因为此时已有菇蕾出现，要注意尽量使水温与棚温、土壤温度相仿，不可使温差过大。并且，采用喷洒为主，尤其有菇蕾的地方应多次少量喷水，总量要足，但要注意不要有水渗入培养料。
4. 常喷维持水
维持水是满足双孢菇日常生长所需的水分，要每天根据温度、通风等情况控制喷水次数及用水量，保持棚内湿度在90%左右，覆土面基本湿润。若通风孔处、近门口处土层发白，属正常现象。随着子实体的不断长大，喷水次数及用水量也应不断增加，避免导致双孢菇缺水营养不良，阻碍生长。
双孢菇种植喷水要注意事项：
1、观察菌床喷水。贴生型菌株耐湿性强，出菇密，需水量大，同等条件下，喷水量比气生型菌株多。
2、根据气候喷水。晴朗干燥的天气，菇房喷水量要多；阴雨潮湿天气，要停水或少喷水。
3、 根据气温喷水。 气温适宜时应当多喷水；气温偏高或偏低时，要少喷水、不喷水或择时喷水。例如，在土层调水期间，遇到25℃左右的高温天气时，喷水应选择夜间或早晚凉爽时进行，气温在12℃以下时，宜在中午或午后气温较高时喷水。
4、根据菇房保温性能喷水。 房屋漏气严重，保湿性能不好，要多喷水，少通风。反之，喷水量要适当减少，通风量增多。
5、 观察土层的持水力喷水。 覆土材料偏干，粘性小，沙性重，持水力较差，则喷水次数和喷水量都要增加；覆土材料偏湿，持水力好，或采用河泥砻糠覆土时，应采用轻喷、勤喷的方法，且喷水量要小。
6、 根据土层厚度喷水。 覆土层较厚，用水可间歇重喷；覆土层较薄，应分次轻喷水。
7、 观察菌丝强弱喷水。 覆土层和培养基中的菌丝生长旺盛，要多喷水，其中结菇水、出菇水或转潮水要重喷；反之，菌丝生长细弱无力，要少喷、轻喷或喷维持水。
8、看菇体的多少和大小喷水。 出菇高峰期，菌床菇多而大，吸水量大，水分蒸发、消耗多，喷出菇水、转潮水和维持水时要相应增加用量；如果床面菇少而小或进入产菇后期，喷水量则要相应减少，必要时见菇喷水。
9、看菌床所处位置来喷水。 床架下层和靠近门窗的菌床，由于通风条件好，水分散失快，应多喷水；床架上层和菇房四角靠边的菌床，通风条件较差，水分散失慢，应少喷水。
